“赌上一切去挑战。上吧，才能的原石们啊！改变时代的，是我们BlueLock（蓝色监狱）。”为了培育出带领日本获得W杯优胜的射手，日本足联设立了“BlueLock（蓝色监狱）”计划。被邀请参与计划的是300名高中生。而且全员都是前锋。身处一旦被淘汰就会失去将来加入日本足球代表资格的极限状态下，被选中的才能的原石们逐渐觉醒了身为射手的Ego。时而踢落他人，时而凭自身的进化从严苛的选拔中生存下来的35人。跨越了盘旋着Ego的、狂热的生存战的他们，赌上“BlueLock（蓝色监狱）”计划的存续，向与U-20日本代

火莲道出了至今为止一系列事件的真相，而知道了威傲来就是“第二十五夜”的昆，为了让夜再次成为自己的同伴，决定和吉王男等人一起参加在塔的30层举办的工房战。以FUG的下一任候补杀手威傲来为中心的FUG队。吉王男和昆联手组成的糖醋肉队。安德罗西、阿娜克加入的什伊树队。各自的想法错综复杂，夺得本届工房战桂冠的究竟会是哪支队伍？！

为了终结不断失败的人生，邪恶怪人军团的底层“战斗员D”决定独自击败大战队。他化身为樱间日日辉，成功通过了入队考试。开始正式潜入大战队。尽管被怪人干部佩尔多罗拉阻挠，他还是成功解决了蓝色守望者。之后被分配到执行秘密任务的绿队，自然就将下一个目标放到了绿色守望者身上。与此同时，失去了蓝色守望者的大战队内部开始疑念丛生，渐渐失去了普通民众的信赖。揭露大战队黑暗内幕的第二季终于开幕！