该剧讲述了一个中共地下党员和一个国民党情报人员之间长达7年的“无间道”式故事。许少清和刘永强是“三和无线电学校”同窗好友，分别服务于中共上海地下党和国民党军统局。他们各自表现出色，一次一次向组织提供了关键情报，为抗日战争的胜利立下功勋。解放战争来临，让许少清和刘永强彼此成为未知的对手。他们机智地化解了一次又一次针对自己严厉审查，绝处逢生！终于有一天，他们怀疑对方就是自己千方百计要为组织清除的卧底。针锋相对，错综复杂，设下一个又一个陷阱，试图让对方显形。辛晴是许少清的上线，也是他的爱人，可因为工作纪律的限制

中国第一部电视剧，故事说的是1927年春，广州发生反革命政变,黄埔军校六期生、秘密中共党员江波身陷囹圄。江波的新婚妻子康瑛怀着身孕被白匪军追杀，逃亡中坠入江中。军校教官赵一青受命中共特科，携同女党员藤玉莲展开对江波的营救工作。时逢国民党少将旅长宣子奇回广州招兵买马，藤玉莲随父亲、留洋回国的著名医学教授藤谦拜会老友宣子奇。藤玉莲谎称江波是自已的恋人，宣子奇满口应承帮忙保释....

一场没有硝烟的交锋，历史的真实再现，展现出一代伟人张驰有致、退进自如的政治智慧和政治策略。

1930年代前后的上海，是中国共产党与国民党殊死搏斗的前沿阵地。中共负责特科的中央领导人李少白手下有两员大将，一个是特科具体负责人兼红队队长肖一鸣，另一个是特科情报科科长王飞。红队是特科的一个行动组织，其最重要的任务就是锄奸。与中共特科相对应的是国民党中央组织部党务调查科，科长徐增均是特工方面的老手，他也有两个得意大将，一个是正在调查科认真研究中共特科组织、卧薪尝胆的蔡小天，另一个就是调查科驻上海的特派员杨登云。这样，敌我双方展开了一场场锄奸与反锄奸的生死较量。后来，肖一鸣被敌人抓捕叛变。李少白以超人的智

1944年，国共合作抗战期间，猎人出身的国民党上尉牧良逢授命率 《狼烟遍地》领特战队，摧毁日军研制氰酸手雷的秘密武器研究所；在中共地下党员张觉、刘晓贤的帮助下，历经重重艰险完成任务。但期间，身为坚定共产党人的父亲牧大明被杀害，妻子柳烟也遭受迫害而丧失记忆。深受刺激的牧良逢武断认为是共产党造成了这一切，开始仇视中共一方。在识破并阻止日军一次针对国军高级将领的刺杀后，牧良逢受命带领特战队阻击日军进攻，但约定好的后援却迟迟未到。陷入绝境的特战队被中共游击队不惜代价地解救出来，期间中共党员大无畏的牺牲精神改变了牧

在民族大义感召下，中共炸弹专家陆玫和军统特工高扬放下信仰上的差异，共同组建了一支特殊的敌后抗日小队。小队成员恩怨纠葛，矛盾不断。但外敌当前，他们精诚协作，与日本特务组织梅机关展开较量。他们协助调查故宫国宝线索；保护传递南京大屠杀罪证；护送中共兵工厂高级技术人员；为新四军战地医院购买药品。完成了一系列惊心动魄任务的同时，小队成员也付出了生命作为代价。最终，陆玫和高扬协作，将作恶多端的梅机关副机关长渡边击毙。抗战胜利，回首往事，高扬发现自己信仰已经发生了改变，在陆玫的影响下，他从此走上了共产党领导革命的道路。

巩向光，中共地下党员，受命在国民党部队中发展外围组织，因叛徒出卖，为救25名积极分子的生命，陷入国民党特务的阴谋之中，被迫脱党加入中统，成为特务头子余沁斋的妹夫，但一直对党忠心不变，除了全力对付日本特务以外，没抓过一个共产党人，并在与日特的较量中立有功勋。抗战时期被中统派到西安，任中统陕室负责人。巩向光的老同学秦剑此时已是中共驻西安情报站负责人，双方从昔日的兄弟变成了事实上的对手。但巩向光“身在曹营心在汉”，时刻都想回到组织的怀抱，暗中为中共渭城地下组织做了大量工作，使得地下组织一次次化险为夷，一个个任务

抗日战争中汪伪政权成立时期，富家少爷明台赴港大读书的途中，被军统高官王天风看中并绑架至军统训练班，经过艰苦特训，成为一名优秀的军统特工。之后明台与生死搭档于曼丽前往上海，展开一系列秘密活动。在“粉碎计划”中，明台与中共地下党成员程锦云联手，成功爆破汪伪政府运送日军高官的专列，二人在战斗中产生了感情。之后，明台暗杀汪伪高官，刺杀日本间谍，屡立奇功。然而明台在一次次行动中，对国民党发“国难财”的举措渐渐心灰意冷，程锦云发展他成为一名中共地下党潜伏工作者。为了获得前方战场的最终胜利，明台与身份复杂的兄长明楼兄弟

林玉静的姐姐在上轿前失踪，父亲无奈将林玉静代嫁给土匪头子关立威。玉静和关立威两人日久生情。玉静父亲为中共工作，日军入侵时，关立威声称要投奔日本人。父亲便让玉静劝说关立威与中共合作。当玉静知道关立威要投靠日本时，玉静为了民族大义，拔枪射向关立威却失败。而玉静却被埋伏在关立威身边的青樱“害死”。在战斗中，关立威突然调转枪头，反而与抗日联军一同歼灭了日本人。最后二人和好如初！

淮河001号大坝的沙盘前，国民党灵通警备司令部司令邱辛实正在给情报二处处长闵树布置一项重要的任务：国民党军统保密局将派高级谍报人员、代号348的特工到灵通市柳行县执行秘密任务---鼹鼠348计划。闵树负责全力配合，与348进行单线联系。抗战时期，军统特别行动队曾在淮河001号大坝秘密埋下炸药但是没有引爆，而348是灵通唯一知道炸药引爆点的人。