在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

由王震（朱雀 饰）的摩托车骑士小队，在西北练车时被席卷而来的奇特沙尘暴卷入，醒来时发现身处另一个时空。很快，他们便面临这个世界土著“拜日族”的追杀，一行人艰难躲避。铁林（陈子轩 饰）被单独抓走，却因长相与楼兰族传承下来的“王”的画像一模一样，而被楼兰族祭司认为是王的转世，而将其救出，带去楼兰秘境。王震一行辗转寻找到铁林的踪迹之后，跟随来到楼兰秘境与铁林惊险汇合，并带出楼兰秘境传承之双鱼玉佩。骑士小队重新面对土著追杀，踏上求生与回归之旅。

故事讲述的是帝骑穿越到各个假面骑士的世界去战斗的故事。空我、亚极陀、龙骑、555、剑、响鬼、甲斗王、电王、月骑、亚马逊、暗日、暗日生化体等假面骑士均会出现，这也是本剧的卖点之一。

一年前，私家侦探鸣海庄吉和他的弟子左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡过程中，庄吉中枪倒下了，剩下的两人走投无路……2009年秋天，在每个角落都有风车转动的城市——风都，翔太郎继承庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前得救的少年菲利普面前，让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候，亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱，而她也渐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……

在人类即将被灭绝之时，六大圣殿崛起，带领着人类守住最后的领土。一名少年，为救母加入骑士圣殿，奇迹、诡计，不断在他身上上演。在这人类六大圣殿与魔族七十二柱魔神相互倾轧的世界，他能否登上象征着骑士最高荣耀的神印王座。

2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器……此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生……错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

真理之剑的剑士们陆续登场，新堂伦太郎、富加宫贤人、尾上亮、大秦寺哲雄、绯道莲。剑士列传，与主线交织的剧情，走进剑士们的内心，讲述每个人背后的故事。

本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾，拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇，促使了假面骑士卌骑的诞生！弦太朗与朋友们共同创立了假面骑士部，在宇宙与学园的舞台上，与朋友们一起成长，共享有泪有笑的青春。

在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。