由于太阳发射的超级耀斑导致在地球地底和海底的欧帕兹火花人偶（“スパークドールズ”）熔铁怪兽德玛迦等怪兽复活，从太阳产生的耀斑包围了整个地球。令长眠在大海和地底的火花人偶变成怪兽复活。为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队XIO。殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声音，此后与神秘之光结合而成为了“艾克斯奥特曼”。

在某个偏远小镇，由于垃圾污染严重，导致生存在地底的洞穴生物发生严重异变，沦为长相丑陋的地底怪物。施工小队在挖掘隧道时惊扰了它的巢穴，遭遇怪物袭击，灾难席卷而来。