小和尚十方随师父白云护送金佛去五台山，在兰若寺遭遇女鬼小卓。十方念咒将其制服，仍好心将她放走。但树妖姥姥趁机发难，白云被擒。幸得燕赤霞相助。小卓死敌小蝶引姥姥到他们藏匿之处。十方在小卓帮助下逃出，并救得师父，小卓却被姥姥抓回。十方与燕赤霞掘出小卓骨灰逃出兰若寺，但姥姥已布下天罗地网，众人危在旦夕，最后关头，十方化成佛祖金身，对付树妖。

故事发生在美丽的西藏高原，小卓玛为了保护高原的精灵藏羚羊和女妖毒蜘蛛、绿壁虎、红蝙蝠一伙坏蛋展开斗争，经受种种严峻的考验，找到了美丽无比的梦之湖，最终战胜了魔王大蝎子和瘸腿毒蜘蛛，将七七四十九只藏羚羊群带到了梦之湖的翡翠岛上……《精灵女孩—小卓玛》是一部童话、神话相结合，并富有意趣性的影片。主人公小卓玛和其伙伴和邪恶斗智斗勇，幽默搞笑，保护美丽的藏羚羊群的故事再次登上银幕。