讲述了这样一个故事：驻守在特区的某部二营营长李桂林，周末之夜，他去电视台与女朋友许娜相会，部队却忽然接到了抗洪命令。二营成了抗洪先头部队，被空运到了位于长江险要地段的江川市。教导员钟涛正在休假，闻讯立即归队。部队直奔双河垸，营救出了被洪水围困的群众和九中预备参加高考的学生以及女教师楚天洁。洪水危机仍然威胁江川市凤凰院，分洪迫在眉睫。但是有翟建业、高升这样的“蛀虫”，令抗洪战士们面临生与死的选择，李桂林经过这场考验，对人生观、价值观有了新的认识。

通缉犯陈桂林（阮经天 饰）在逃亡藏匿中失去最后一个亲人，同时得知自己只有不到三个月的生命。万念俱灰的他原打算投案自首，可是当发现他在三大通缉犯中仅仅排名第三时，内心突然躁动起来。在此之后，他决定仿效古时候周处除三害的故事，临终之际要在江湖上留下他的传奇名号。通过地下医生张贵卿（谢琼煖 饰），陈桂林找到了分别排名第二和第一的香港仔（袁富华 饰）和牛头的线索，随后踏上征途。贪嗔痴，三毒熬煎，红尘混沌之人，被业障缠绕，永远无法跳脱因果轮回……

通缉犯陈桂林生命将尽，却发现自己在通缉榜上只排名第三，他决心查出前两名通缉犯的下落，并将他们一一除掉。陈桂林以为自己已成为当代的周处除三害，却没想到永远参不透的贪嗔痴，才是人生终要面对的罪与罚。n影片引用的“周处除三害”典故，见于《晋书·周处传》和《世说新语》。据记载，少年周处身形魁梧，武力高强，却横行乡里，为邻人所厌。后周处只身斩杀猛虎孽蛟，他自己也浪子回头、改邪归正，至此三害皆除。