恐怖组织眼镜蛇在控制住了所有国家的元首之后，他们终于开始要向美国总统动手了，他们的目标就是控制全世界。而特种部队这边则因为出现了叛徒而忙乱不已。因为上一次的交手，谁也没有赢，所以特种部队和眼镜蛇两方面都在寻找下一次袭击对方的机会。只是，这次的战斗对于特种部队来说更是难上加难。因为他们不仅仅要对付眼镜蛇这一伙人，还有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都开始反对特种部队了

在公爵（钱宁·塔图姆 饰）的率领下，特种部队给恐怖组织“眼镜蛇”以沉重的打击。虽然眼镜蛇指挥官等中心人物落网，但白幽灵（李秉宪 饰）等组织骨干依然逍遥法外，时刻准备向特种部队和全世界展开反扑。在干净利落解决某中东国家的核危机后，特种部队突然遭 到来自美国政府的惨烈打击，公爵等队员英勇殉职，只有拦路虎（道恩·强森 饰）、杰伊小姐（阿德琳妮·帕里奇 饰）和弗林（D·J·科特罗纳 饰）三人侥幸逃生...

恐怖组织“眼镜蛇”（Cobra）企图征服世界，美国政府为了保卫国家而组成了特种部队－－G.I.Joe。杜克领导特种部队，为了抵御邪恶的眼镜蛇头领及其部下，发誓不论何时何地要为自由而战，赴汤蹈火，除暴安良以伸张正义。战斗不断升级，对决一触即发。