经历过外星人大举入侵地球后，人类知道，这些入侵者有一天一定会再回来。人类运用先前外星人所遗留下来的科技文明，发展出一套强大的地球防御系统以抵御外星人的再度入侵。然而，20年后，这些外星人却带着人类前所未见、更先进强大的武力再次入侵地球，带来更大的全球灾难，几位勇敢的年轻人，他们挺身而出，将再一次为人类生存而战斗……

《独立日：卷土重来》讲述了由于此前收获了外星科技，经过世界范围内的长期合作研发，人类已经创造出了最尖端的科技来保卫地球，但没想到外星人卷土重来，发起了一波更猛烈的攻击，在人类濒临绝望时，一小部分勇敢的男女站出来，肩负起了反抗外星人，保卫人类家园的重任。