2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对抗......