在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

故事舞台为近未来。在「高达模型」在1980年代引起热潮后数十年，「高达模型对战」即将卷起被称作第二次高达模型的新浪潮。擅长制作高达模型而非对战的主角伊织诚，遇见了能将高达模型操控得出神入化的神秘少年岭司。高达模型制作家、伊织诚。高达模型战士、岭司。由伊织诚制作高达模型，岭司则负责战斗。他们就是传闻中的「创战者(BUILDFIGHTERS)」!他们的目标是，高达模型对战的世界大赛冠军！

范道大也因其独到的创意和压倒性的机械工程知识技术，名声大噪。某一天，他与来自宇宙的车型机器人“奔多里奥·奔德拉斯”相遇了。谁知，袭击了其他星球的大宇宙侵略大走力团“哈袭利安”直属干部突然来袭！大也和情报收集专家鸣田射士郎，专业驾驶员志布户未来一起组成了奔奔者，随后，阿久濑锭和振骑玄蕃也加入进来，5人一起同来自宇宙的威胁“哈袭利安”战斗。