晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨，后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？刘家辉饰黄飞鸿刚从西方回来的十三姨，带给黄飞鸿更大的冲击。十三姨精通洋文，生活西化，甚至还学会西洋射击、剑术，这些，不仅使黄飞鸿耳目一新，更令黄飞鸿的徒弟们大开眼界，他们决心要适应潮流，跟上潮流，做与时代并进的青年。这些，顿时使人到中年的黄飞鸿无所适从。

一代宗师黄飞鸿，武术和医术皆精湛，难得是他肯无私授徒，让绝学得以流传发扬。在他众多弟子当中，尤以梁宽、猪肉荣、鬼脚七、牙擦苏、和路小月五人最为后世传颂，他们拜师的经历及各人的英雄事，精彩有趣。在黄飞鸿三十九岁那年，他父亲黄麒英因病辞世，临终前他嘱咐儿子放弃授徒，经营药店：“以拳头谋生，结怨必多，以医为生，则广结人缘。”飞鸿听从父亲遗训，开设宝芝林药店。世事难料，当黄飞鸿决定不再授武之际，打铁工人梁宽便与好友郭尤盛登门拜师，黄多番拒绝，梁仍坚决苦候；但郭尤盛感到扫兴，打算改拜教头谢荣为师，梁宽也去作伴，席

民国时期广州拐卖案猖獗，黄飞鸿行侠追凶时为护十三姨而生死不明。十三姨为查明真相，卧底进入拐卖案的幕后大本营—一所洋人开办的学校。十三姨经过查探发现了更大的阴谋！而后她与女生们齐心合力一起打败了这股邪恶

清朝末年，洋人作恶，清政府政权日渐消弱，广州衙门在曹公公的庇护下勾结黑帮与洋人，卖国求荣，敛不义之财，黄飞鸿心系民众，得知衙门的黑暗，为民请命，大闹黑衙门，经过一番殊死的较量与斗争，最终驱逐了洋人势力