优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…

优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物

故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。 随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。